Presný dátum vzniku farnosti nepoznáme. No v Schema-tizme z roku 1792 sú Rafajovce spomínané ako Parochiák s vtedaj-šími 7 filiálkami. Počet filiálok sa často nemenil, no 50-te roky niektoré odtrhli úplne. Filiálkou, ktorá je čisto gréckokatolícka, sú len Piskorovce. V ostatných prevládalo odjakživa rímskokatolícke viero-vyznanie. Prvým známym kňazom pôsobiacim vo farnosti bol Štefan Bačinský ( r. ? – 1825). Zatiaľ najstarším zachovaným prameňom o živote far- nosti v 18. stor. je len vizitačný protokol biskupa Michala Manuela Olšavského, ktorý v roku 1752 Rafajovce navštívil. Vo svojom protokole napísal: „V Rafajovciach je drevený kostol, krásny, veľký, v dobrom stave , postavený v roku 1701, krásny zvonku i vnútra. Všetky ikony sú krásne. Oltár je veľký, krásny, čisto zakrytý obrusmi. Bohostánok s krásnou ikonou – drevený. Antimins biskupa Bizanciho. Čaše sú dve, jedna je z medi pozlátená, druhá z cínu, dávna. Iliton čistý. Majú všetky bohoslužobné knihy. Žertveník je dobrý, krásny. Zvony sú dva. Je tu zázračná ikona, ktorá slzila roku 1705, čo je dokázané v došetrení vedenom biskupmi, ale protokoly šetrenia sa nezachovali (vo farnosti), zato na slávu zázraku na sviatok Narodenia Prečistej Panny Márie sú odpusty, púte“ Dodnes je zvykom, že v našej farnosti je odpustová slávnosť dvakrát v roku. Eparchiálna odpustová slávnosť na sviatok Zoslania Svätého Ducha, ďalší na chrámový sviatok Narodenia Presvätej Bohorodičky. Odpustová slávnosť na Zoslanie Svätého Ducha sa viaže na tradíciu z roku 1695, ktorá hovorí o existencii baziliánskeho monastiera zasväteného práve tomuto sviatku.
